Il naît à Thèbes [1] de Zeus et d’Alcmène, femme du roi Amphitryon. Le roi des dieux a en effet décidé d’avoir un fils capable de venir en aide aux hommes comme aux dieux. Profitant de l’absence du mari, en guerre contre les Taphiens [2] et les Téléboéens, Zeus descend de l’Olympe [3] et, prenant l’aspect d’Amphitryon, couche avec Alcmène après avoir persuadé Hélios, dieu du soleil, de ne pas se lever pendant 3 jours, faisant ainsi durer sa nuit avec la femme d’Amphitryon. Dans la même nuit, Alcmène est également visitée par son mari de retour de campagne.
Peu de temps après la naissance d’Héraclès, Hermès enlève l’enfant et le place dans le lit d’Héra endormie, aucun des fils de Zeus ne pouvant devenir immortel s’il n’a tété au sein de la déesse.
Alors qu’il est encore bébé, Héra envoie des serpents pour le tuer, mais celui-ci les étrangle sans difficulté. Alertés par les cris des femmes, Alcmène et Amphitryon accourent et trouvent les serpents morts. Amphitryon convoque alors le devin Tirésias, qui prophétise les hauts faits du héros et son apothéose.
Linos enseigne les lettres et la musique à Héraclès et à Orphée. Contrairement à son demi-frère, le héros est indiscipliné et turbulent. Frappé par Linos, il tue celui-ci à coups de tabouret. Il est accusé de meurtre, puis acquitté après avoir invoqué une sentence de Rhadamanthe consacrant le principe de légitime défense. Parce que la fougue d’Héraclès et son manque de maîtrise de soi deviennent une menace, Amphitryon l’éloigne de la cour. Le héros est envoyé surveiller ses troupeaux à la campagne où son éducation est reprise par Teutoros, un bouvier scythe [4] qui lui enseigne le tir à l’arc.
À 18 ans, il est invité par le roi Thespios, souverain de Thespies [5]. Soucieux d’avoir le héros comme père de ses petits-enfants, Thespios lui envoie chaque soir l’une de ses cinquante filles. Héraclès croit retrouver toujours la même jeune fille et devient ainsi le père de cinquante fils, les Thespiades [6]. Héraclès épousa ensuite Déjanire, fille d’Œnée.