A cette époque, le port de Marseille avait un trafic assez important pour que 2 rois en partagent l’usage, et lorsque venant de Constantinople et débarquant à Marseille Gondovald, qui se dit fils du roi Clotaire 1er, Théodore alors évêque de Marseille lui procura des chevaux et lui permit de faire jonction avec le duc Mummole qui est un militaire au service de Childebert II. Gontran roi d’Auvergne le fit enfermer. Il lui reprocha d’avoir introduit cet étranger dans les Gaules, et voulut soumettre le royaume des Francs à la domination impériale. Théodore fut conduit auprès de lui avec l’évêque Epiphane qui, fuyant la Lombardie, demeurait à Marseille et aurait lui aussi trempé dans cette affaire. Théodore est ensuite emmené malgré lui à un synode à Mâcon, en 585 chargé de le condamner à l’exil pour avoir trempé dans l’affaire de Mummole. Mais le synode ne le condamnera pas et il rentrera à Marseille où la population le recevra avec chaleur.
En juin 591, une lettre du Pape Grégoire le Grand, confie à Théodore la charge de réparer la faute de collaborateurs qui ont baptisé des juifs par force. Le Pape l’invite personnellement à s’adresser aux juifs par des prédications répétées où se manifeste la douceur de celui qui les enseigne.
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