Dès le début de son règne, Trajan le fait soit exécuter, soit le force à se retirer.
Si l’on prête foi à“ la Vie d’Apollonios de Tyane” [1], il aurait servi comme tribun militaire [2] de Vespasien, alors légat [3] de Judée, lorsque ce dernier se rend à Alexandrie en 69, pour se proclamer empereur romain lors de l’année des quatre empereurs
Il sert l’empereur Domitien comme préfet du prétoire [4], peut-être à partir de 84 ou 92. Il ferait suite à Lucius Iulius Ursus et Lucius Laberius Maximus, et officierait un temps aux côtés de Cornelius Fuscus jusqu’en 86. Il a peut-être ensuite comme collègue Marcus Mettius Rufus , tout du moins vers 92 puis Titus Flaius Norbanus .
Au début du règne, Domitien se montre libéral et juste. Il est loué pour son sens de la justice et de la religion.
S’il est déjà préfet, Aelianus participe peut-être aux côtés de l’empereur aux campagnes sur le Rhin en 83/87 et à la campagne de Dacie de Domitien [5] entre 85 et 89, pendant laquelle son collègue Cornelius Fuscus est vaincu et tué en 86, puis à l’expédition punitive en Germanie de 89/90.
Le naturel inquiet de Domitien, sa tendance à voir des complots partout, sa violence et son autoritarisme assombrissent la fin de son règne. Cette tendance s’aggrave après la conjuration de 89. Il met à mort quelques sénateurs et autres personnages distingués.
Selon Philostrate l’Athénien, Aelianus soutient par des moyens détournés Apollonios de Tyane, l’ayant connu en Égypte. Ce dernier a été banni de Rome sous Néron, aurait eu des entretiens avec Vespasien et Titus et aurait prédit la chute de Domitien. Il souhaite alors échanger avec l’empereur, et Aelianus favorise la rencontre. Philostrate l’Athénien fait dire à Aelianus que Domitien est un cruel tyran.
Apollonios est d’abord emprisonné par l’empereur, puis ses conditions de détention sont allégées suite à l’intervention d’Aelianus. Lors de son procès, il s’échappe hors de Rome puis d’Italie.
Vers 94, il est possible qu’Aelianus choisisse de se retirer, comme tant d’autres, le règne de Domitien devenant de plus en plus tyrannique, ou alors il est victime de la disgrâce de l’empereur.
En septembre 96, l’assassinat de Domitien implique l’impératrice Domitia Longina, un certain nombre de sénateurs, et se fait avec l’accord des préfets de la garde prétorienne, qui agissent directement ou choisissent en toute connaissance de cause de ne pas intervenir pour sauver l’empereur.
Nerva est proclamé empereur le soir même de l’assassinat et, dans la foulée, le Sénat décrète la damnatio memoriae [6] de Domitien.
Environ un an après l’assassinat de Domitien et l’accession au pouvoir de Nerva, alors que ce dernier a renvoyé les deux préfets impliqués dans le complot, l’empereur rappelle Aelianus, encore très populaire parmi les prétoriens, à son poste en 97.
C’est un choix malheureux pour l’empereur. Aelianus réclame avec ses soldats la tête des assassins de Domitien et assiège le palais impérial pour capturer les responsables de la mort du dernier des Flaviens, qui n’ont pas été condamnés par le nouvel empereur.
Il réussit à faire exécuter les meurtriers, dont l’ancien préfet du prétoire Petronius Secundus, et probablement Norbanus, malgré l’opposition de l’empereur, affaiblissant la position de Nerva.
L’empereur est même forcé de prononcer un discours public de remerciement de cette initiative.
Nerva réplique en prenant une initiative judicieuse. Il adopte solennellement Trajan, légat en Germanie [7], général à la tête de trois légions et militaire à la compétence éprouvée. Le Sénat ratifie en accordant à Trajan le titre de César, la puissance tribunicienne [8] et l’imperium majus [9]. Les prétoriens se souviennent aussi des événements de 69, et savent qu’ils ne peuvent affronter avec succès les légions. Pris de court, ils doivent s’incliner.
Peu de temps après, en janvier 98, Nerva meurt de causes naturelles. Trajan, qui est alors à Cologne, reste un temps au nord des Alpes. Il envoie quérir Aelianus et la garde prétorienne [10], sous prétexte d’avoir besoin d’eux et, selon Dion Cassius, les met hors de son chemin. Cela signifie probablement qu’il est exécuté, mais peut-être est-il juste forcé de se retirer. Trajan le remplace par Sextus Attius Suburanus Aemilianus .