Il étudia la sculpture en France, avec un maître qui avait réalisé les bas-reliefs du tombeau de François 1er.
Le premier ouvrage attribué à Goujon est les colonnes de la tribune de Saint Maclou à Rouen [1], réalisé en 1541.
Ses connaissances en art antique font de lui un artiste aussi accompli que les italiens. En 1544, dirigé par Pierre Lescot, il réalisa les bas-reliefs du jubé de Saint Germain l’Auxerrois [2].
Cet ouvrage reflète son attachement à l’art antique et surtout grec. Il travailla sur le château d’Écouen pour le duc de Montmorency avec Bernard Palissy dès 1545. En 1547, alors qu’il illustrait la traduction que Jean Martin donna du Traité d’architecture de Vitruve, il devient sculpteur du roi et travailla au château d’Anet, en compagnie du peintre Jean Cousin et de l’architecte Philibert Delorme.
Avec Pierre Lescot il travailla ensuite sur le Louvre et sculpta les nymphes de La Fontaine des innocents [3].
Bien qu’influencé par l’école de Fontainebleau [4], qui consiste dans l’allongement des figures et un grand raffinement de la composition, il ne tomba pas dans le travers d’imiter la sculpture romaine et de remettre au goût du jour les formes simples et pures de la sculpture grecque.