Né à Rossano [1], dans les territoires byzantins au sud de la péninsule italienne, il fut chapelain de Théophano Skleraina, impératrice épouse de l’empereur Otton II. Il fut 2 fois chancelier impérial en Italie pour Otton II, entre 980 et 982, où il fut nommé abbé de Nonantola [2], et entre 991 et 992. Entre ses séjours en Italie, il fut nommé tuteur du fils de l’empereur âgé de 7 ans, le futur Otton III, en 987. Par entremise de l’impératrice, il fut nommé archevêque de Plaisance, et fut envoyé à Constantinople afin d’accompagner une princesse byzantine pour le jeune Otton. Après la mort de l’empereur, l’empereur Otton III vint en aide au pape Jean XV en 996, afin de mater la rébellion d’une faction dirigée par le riche et puissant noble romain Crescentius le Jeune. Otton III s’arrêta à Pavie afin de se faire acclamer Roi de Lombardie, et échoua à rejoindre Rome avant la mort du pape. Une fois à Rome, Otton III poussa à l’élection de son cousin Brunon de Carinthie en tant que pape Grégoire V, et le nouveau pontife couronna Otton III empereur le 21 mai 996.
Une fois Otton III reparti vers la Germanie, la faction menée par Crescentius le Jeune déposa Grégoire V par la violence et, avec le soutien actif de l’empereur d’Orient, Basile II, proclama Johannes comme pape sous le nom de Jean XVI. Un synode des évêques d’Occident se tint en 997 dans la capitale impériale d’Italie, Pavie, et se prononça en faveur de Grégoire V et excommunia Jean XVI.
La révolte de Crescentius le Jeune fut définitivement écrasée par Otton III, qui marcha une fois de plus sur Rome, en février 998. Jean XVI s’enfuit, mais les troupes impériales le pourchassèrent puis le capturèrent, lui coupèrent le nez et les oreilles, lui arrachèrent la langue et l’aveuglèrent, l’empêchant ainsi d’écrire et l’humilièrent publiquement devant Otton III et Grégoire V, avant de l’enfermer dans un monastère romain. Il fut par la suite envoyé dans le monastère de Fulda [3], en Germanie, où il mourut vers 1001.