Fille de Guillaume IX de Montferrat et de son épouse Anne d’Alençon, cadette de René d’Alençon et de Marguerite de Lorraine-Vaudémont .
Marguerite est la seconde de 3 enfants. Sa sœur aînée Marie Paléologue dite Marie de Montferrat, meurt à 21 ans et son jeune frère Boniface IV de Montferrat , meurt à 18 ans.
En 1517, sa fille aînée, Marie, fut fiancée à Frédéric II de Mantoue, fils deIsabelle d’Este, futur marquis et duc de Mantoue [1], mais le contrat de mariage fut annulé, après que Frédéric eut accusé Maria d’avoir tenté d’empoisonner sa maîtresse Isabella Boschetti , épouse du comte de Calvisano.
À force de sollicitations, la mère de Frédéric II de Mantoue réussit à obtenir de l’Empereur le titre de duc pour son fils. Le 8 avril 1530, Charles Quint vint à Mantoue lui décerner le titre. À cette occasion, Anne d’Alençon veuve du marquis de Montferrat, Guillaume IX Paléologue, proposa au nouveau duc la main de sa fille Marguerite.
Après Jean Georges de Montferrat, son oncle, marquis régnant, elle était l’héritière du marquisat et Anne souhaitait, par ce mariage, renforcer Montferrat [2] face aux visées du duc de Savoie [3] soutenu par la France.
Le mariage fut célébré en 1531 et, en 1533, à la mort de Jean Georges, Frédéric devint marquis de Montferrat.
Elle possédait dans sa chambre, La Scapigliata [4] deLéonard de Vinci.