Frère cadet de l’empereur Isaac 1er Comnène, il exerce les fonction de domestique des Scholes [1] sous le règne de son frère. Il est surtout le père d’Alexis 1er Comnène qui devient empereur en 1081 et fonde véritablement la dynastie des Comnènes qui dirige l’Empire byzantin [2] de 1081 à 1185 puis l’Empire de Trébizonde [3] de 1204 à 1461.
Fils de Manuel Erotikos Comnène , général byzantin de Basile II mort alors que ses enfants sont encore jeunes ; ceux-ci sont élevés au sein de la cour impériale, leur permettant d’accéder à de hautes fonctions.
Jean Comnène est marié à Anne Dalassène, la fille d’Alexis Charon, probablement en 1044.
Jean Comnène apparaît dans les sources en 1057, au moment de l’arrivée au pouvoir de son frère Isaac. Ce dernier est alors à la tête d’un groupe de généraux rebellés contre Michel VI et le forcent à quitter le pouvoir.
Au moment de la révolte, Jean détient le poste de “doux” mais après la victoire de son frère, il est élevé au rang de curopalate [4] et nommé domestique des Scholes pour l’Occident.
Rien n’est connu des activités de Jean Comnène durant le court règne de son frère. Cependant, Nicéphore Bryenne dit le Jeune , l’époux d’ Anne Comnène la petite-fille de Jean Comnène affirme qu’en tant que domestique, ses actions ont eu une grande influence sur les populations des provinces balkaniques.
Le règne d’Isaac est interrompu brusquement par son conflit avec le puissant patriarche de Constantinople Michel Cérulaire . Ce dernier a un rôle déterminant dans l’abdication de Michel VI, assurant à Isaac le soutien de l’influente aristocratie civile de la capitale. Cérulaire et ses partisans conduisent l’opposition à Isaac dont les réformes économiques drastiques sont impopulaires.
L’empereur est finalement contraint de renoncer au pouvoir le 22 novembre 1059, date de son retrait au monastère du Stoudion [5]. Le trône est alors dévolu à Constantin X Doukas jusqu’en 1067. Selon Nicéphore Bryenne, Isaac aurait proposé la couronne à Jean Comnène avant d’abdiquer mais celui-ci l’aurait refusé en dépit de l’influence de sa femme, Anne Dalassène, qui souhaitait le voir monter sur le trône.
Jean Comnène disparaît des sources durant le règne de Constantin X, une possible disgrâce auprès de l’empereur en dépit des affirmations contraires de Nicéphore Bryenne. Le typikon [6] datant de la fin du 12ème siècle du monastère du Christ Philanthropos, fondé par Irène Doukas la femme d’Alexis 1er, est la seule source à mentionner la retraite de Jean dans un monastère, probablement au même moment que sa femme Anne Dalassène. Il meurt le 12 juillet 1067