Il succède à Isaac en 643 puis est remplacé par Platon vers 645.
À la suite de la mort de l’exarque [1] Olympios en 652, il redevient exarque de Ravenne [2]. Théodore reçoit les ordres déjà donnés à son prédécesseur d’arrêter le pape Martin 1er.
L’exarque entre à Rome en 653 avant de capturer le pape avec l’aide d’un détachement de soldats, de l’expulser du Latran et de l’envoyer sur un navire vers Naxos [3].
Théodore tente ensuite sans succès de convaincre les Romains d’élire un nouveau pape. Il faut attendre l’année suivante pour voir le pape Eugène 1er élu. Avant 666, Grégoire succède à Théodore comme exarque.