Marguerite était une princesse de la première branche bourguignonne de la dynastie capétienne. Elle était la fille de Robert II duc de Bourgogne et d’Agnès de France fille du roi Louis IX.
Le 23 septembre 1305, à Vernon [1], elle épousa Louis X le Hutin roi de Navarre et roi de France, fils du roi de France Philippe IV le Bel et de la reine de Navarre Jeanne 1ère .
De son mariage avec Louis X le Hutin est issue une fille, Jeanne II de Navarre, qui ne recouvrera qu’une partie de ses droits sur la Navarre en 1328, par un arrangement entre son mari Philippe d’Évreux et le roi de France Philippe VI de Valois.
Au début de l’année 1314, Philippe IV le Bel, alors roi de France, fit arrêter ses 3 belles-filles Marguerite de Bourgogne, Jeanne de Bourgogne et Blanche de Bourgogne, sur dénonciation de sa fille Isabelle d’Angleterre parce qu’elles auraient été prises en flagrant délit d’adultère avec 2 jeunes chevaliers, Philippe et Gautier d’Aunay . Marguerite fut enfermée dans la forteresse de Château Gaillard [2] et fut tenue au secret dans sa prison.
Elle devint reine de France à la mort de son beau-père Philippe IV le Bel, survenue le 29 novembre 1314. Le 15 août 1315, elle fut retrouvée étranglée ou étouffée à l’aide de ses cheveux dans sa cellule.