Quatrième fils de l’empereur Fushimi et appartenait donc à la lignée Jimyôin-tô [1].
Hanazono devient empereur en 1308 après l’abdication de son cousin, l’empereur Go-Nijō de la lignée Daikakuji-tō [2].
Durant son règne, la dispute de succession entre les 2 lignées de la famille impériale se règle grâce à un accord entre les 2 parties et le Bakufu [3], pour alterner le trône entre les 2 lignées tous les 10 ans.
En vertu de cet accord, Hanazono abdique donc en 1318 en faveur de son cousin Go-Daigo, de la lignée Daikakuji-tō, mais ce dernier refuse de rendre le trône au bout de 10 ans et initie la restauration de Kemmu [4].
Après son abdication, Hanazono élève son neveu, le futur empereur de la cour du Nord Kōgon. En 1335, il devient un moine bouddhiste de la secte zen [5].
Il excellait au tanka [6], et appartenait à l’école Kyôgoku. Il a laissé un journal : Hanazono-in-Minki [7]. On lui doit aussi, en 1346, la compilation de l’anthologie poétique Fuga-shū. Il était une personne très croyante, ne manquant jamais ses prières au Bouddha [8] Amitabha .