Il succède à Calixte 1er, mort défenestré lors d’une émeute dirigée contre les Chrétiens.
Il connaît un pontificat marqué par des relations tranquilles avec l’institution impériale. Le nouvel empereur romain Sévère Alexandre est en effet bien disposé envers les Chrétiens. Par contre la querelle avec Hippolyte de Rome, premier antipape de l’histoire, parasite toujours l’Église romaine et va perdurer jusque sous le pontificat de Pontien .
Une partie de ses reliques fut donnée à Charles le Chauve, roi de France, par le pape Nicolas 1er, en 862, et finirent à Auxerre, où Urbain devint le patron des vignerons. Il est inhumé dans la catacombe de Saint-Calixte.
La légende populaire fait d’Urbain le patron des vendanges, dans les pays germaniques mais aussi en Alsace. Il fallut à plusieurs reprises, en particulier au Moyen Âge, que les autorités et l’Église catholique interviennent pour limiter les excès de cette dévotion.