Il naît à Paris dans une famille relativement modeste. Son père Gilles Naudé possèdait un petit office au bureau des finances [1], sa mère Marguerite Descamin ne savait pas lire. Il possède en revanche un oncle, Pierre Nodé, qui s’est élevé grâce à l’Église, appartenant à l’ordre des Minimes [2], il préside plusieurs années le chapitre de Paris.
Il étudia successivement dans plusieurs collèges, cardinal-Lemoine [3], d’Harcourt [4], de Navarre [5] grâce au soutien de Gabriel de Guénégaud , trésorier de l’Épargne [6]. Il suit dans ce dernier collège les cours du sceptique Pierre Belurgey. Il lit les auteurs tant modernes qu’anciens, dit particulièrement apprécier Montaigne et Charron , et recopia de nombreux textes dans ses carnets. Il obtint le titre de maîtres ès arts, son entourage lui conseilla de tenter d’obtenir le titre de docteur en théologie, l’Église demeurant le meilleur moyen de s’établir socialement pour un jeune issu d’une famille modeste, mais Naudé choisit finalement la médecine. C’est au cours de ces études qu’il rencontra un jeune homme qui demeura son ami sa vie entière, Guy Patin.
Sa réputation s’établit rapidement. Sa très grande culture encyclopédique et son talent de bibliographe furent reconnus et il publia en 1620, à ses frais, Le “Marfore ou Discours contre les libelles”. Dans cet opuscule, il prend la défense du connétable de Luynes contre les pamphlets qui l’attaquent, sa très bonne connaissance des textes anciens lui permet d’utiliser de très nombreuses citations afin de s’opposer aux démagogues qui ruinent l’autorité du roi.
En 1622 Son goût pour les livres et les connaissances qu’il acquiert dans ce domaine, déterminent le président de Mesme [7] à lui confier la direction de sa bibliothèque privée, une des plus belles de l’époque, riche de 8000 volumes, dont de nombreux manuscrits latins et grecs.
Il préfère continuer ses études médicales, mais il rédige à l’intention du président, en 1627, “un célèbre Advis pour dresser une bibliothèque”, où il prône l’ouverture aux hommes de lettres d’une bibliothèque universelle rassemblant tous les ouvrages utiles à la communauté savante ; ces ouvrages seraient classés selon un ordre « naturel », qui en ferait un instrument d’invention.
Sa grande passion reste cependant les livres : toute sa vie, il recherchera les éditions rares et les livres audacieux, cataloguera et classera une énorme masse d’ouvrages. En 1628, le cardinal Giovanni Francesco Guidi di Bagno le choisit comme bibliothécaire et l’emmène à Rome. En 1633, il est nommé Médecin ordinaire de Louis XIII et part recevoir le titre de docteur à Padoue [8]. Après la mort du cardinal de Bagni, il devient bibliothécaire au service du cardinal Barberini.
Rappelé en 1642 par Richelieu peu avant la mort de celui-ci, il sera finalement attaché au service de Mazarin et constitua une bibliothèque qui est la base de l’actuelle bibliothèque Mazarine. Parcourant l’Europe pendant 10 ans, il aida Mazarin à la constitution de sa bibliothèque, ramenant plus de 40 000 volumes avec une grande partie de précieux manuscrits. Une grande partie de ces ouvrages sera malheureusement dispersée durant la Fronde.
En 1652, la reine Christine lui propose la direction de sa bibliothèque à Stockholm [9], mais sa santé délicate ne résiste pas aux rigueurs du climat suédois et il meurt sur le chemin du retour à l’âge de 53 ans.
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