Fils d’Alexandre Jannée, il détrône son frère Hyrcan II, et devient roi de Judée en l’an 70 av. jc.
A la mort de Salomé Alexandra en 67 av. jc, Aristobule entre en conflit pour le trône de Judée avec son frère Hyrcan II. Hyrcan est défait près de Jéricho puis se réfugie dans la forteresse du Temple. Les 2 frères font la paix. Aristobule sera roi tandis qu’Hyrcan se contente du titre de frère du roi. Mais l’homme fort du parti d’Hyrcan, le gouverneur de l’Idumée Antipater, n’accepte pas cet accord. Il entraîne Hyrcan à Pétra auprès d’Arétas III de Nabatène qui lui confie une armée. Aristobule est vaincu et s’enferme dans Jérusalem. Le général romain Scaurus fait alors lever le siège de Jérusalem. Arétas se retire à Philadelphie et Aristobule peut battre les partisans d’Hyrcan à Papyron.
Délivré par les Romains qu’il avait appelés à son secours, il ne tarde pas à se brouiller avec eux. Assiégé dans l’Alexandrion puis dans Jérusalem par Pompée, il est pris après une longue résistance en 63, et envoyé captif à Rome.
Il parvient à s’enfuir en 57, essaye de soulever de nouveau la Judée, mais est vaincu et pris une seconde fois. En 45, Jules César le libère pour l’envoyer en Syrie avec 2 légions et empêcher Pompée de mobiliser des troupes. Mais les partisans de Pompée empoisonnent Aristobule. Marc Antoine fit plus tard envoyer sa dépouille en Judée, où il reçoit des funérailles royales.
Il a un fils, Jonathan Alexandre II, assassiné par Pompée et une fille Alexandra. Alexandra prend pour époux Philippion fils du tétrarque Ptolémée de Chalcis. Son autre fils Antigone Mattathiah sera le dernier roi hasmonéen.
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