Fils du comte Baudouin 1er et de la princesse carolingienne Judith. Mineur à son avènement, il voit ses états subir une attaque sans précédent des Normands.
Ceux-ci détruisent Thérouanne [1], ravagent tout le pays et pillent les abbayes, semant mort et désolation sur leur passage.
Ils passent l’hiver 880 à Gand [2]. Au printemps 881 Tournai [3] est pillée, en 882, c’est le tour de Cambrai [4] et d’Arras [5] en 883, ils passent à Boulogne, Sithiu, Saint-Riquier, Furnes, à nouveau à Thérouanne, puis reviennent à Gand. Après un raid en Rhénanie [6], ils pillent Arras et se fortifient à Condé en 885, puis à Courtrai en 886.
Le chef viking Rollon ravage la région de Saint Bertin, à défaut de pouvoir s’emparer de la cité où les habitants résistent. En réaction, Baudouin II construit de nombreuses citadelles fortifiées, les bourgs ou “burchen”, confiés à des châtelains, ainsi en est-il d’Ypres [7], de Courtrai, de Bergues-Saint-Winoc, de Gand, de Bruges, de Saint-Omer. L’édification de ces bourgs caractérise son règne, et marque le début de l’âge féodal dans la région.
Cependant, comme dans le reste de la Neustrie [8], le problème normand ne trouvera sa solution que sous Charles le Simple qui, par le traité de Saint-Clair-sur-Epte [9] permet à Rollon de s’établir en Normandie.
Après la déposition de Charles le Gros, et l’élection de Eudes en 888 au trône de France, le comte de Flandre, d’ascendance carolingienne soutient la cause de Charles le Simple, alors que le comte de Vermandois Herbert II trahit sa cause et reconnaît Eudes comme souverain.
Le frère de Baudouin II, le comte de Cambrai Raoul ou Rodolphe, pénètre alors en Vermandois, s’empare de Péronne et de Saint-Quentin, mais ces villes sont reprises par Herbert, et Raoul périt dans un guet-apens le 17 juin 896. Baudouin aurait alors commandité le meurtre d’Herbert, qui entre-temps, s’était rallié à la cause de Charles le Simple.
Malgré une réconciliation passagère, les hostilités reprennent, il s’opposait cette fois au roi Charles, qui avait favorisé Herbert. Celui-ci reprend Péronne qui avait été occupée une nouvelle fois, et s’empara de Saint-Omer, du château de Saint Vaast, et de son abbaye. Le roi en donna alors bénéfice à l’archevêque de Reims, Foulques le Vénérable, qui l’échangea bientôt contre Saint Médard près de Soissons. Ce qui n’empêcha pas la rancœur de Baudouin.
Après la mort de Raoul abbé de Saint Bertin, il demanda la gestion temporelle de l’abbaye, mais les moines, craignant les exactions du comte, firent appel à Foulques, qui fut finalement élu abbé, nomination confirmée à la mort du roi Eudes par Charles le Simple. Malgré sa condamnation au synode de Soissons en 893,il reprendra par la force le château et l’abbaye d’Arras.
Après sa mort, il fut enterré à l’abbaye Saint Bertin, puis à Saint Pierre de Gand. De sa femme, fille du roi Alfred le Grand d’Angleterre, il avait eu 2 fils qui se partagèrent ses possessions