Seconde fille du comte Othon 1er de Bourgogne et deMarguerite de Blois, fille du comte Thibaut V de Blois et de Chartres et d’Alix de France. Sa sœur aînée, la future comtesse Jeanne 1ère de Bourgogne , est née 2 ans auparavant.
Le 13 janvier 1200, son père est assassiné à Besançon à l’âge de 30 ans. Sa fille aînée Jeanne 1ère lui succède comme comtesse de Bourgogne [1] à l’âge de 9 ans, mais elle meurt en 1205, âgée seulement de 14 ans. Béatrice devient alors comtesse de Bourgogne.
En 1208 elle épouse le duc Othon 1er d’Andechs et de Méranie qui devient, par son mariage, comte palatin de Bourgogne sous le nom d’Othon II de Bourgogne, et dont elle a un fils la même année, le futur comte Othon III de Bourgogne. L’année suivante naît leur fille, la future comtesse Adélaïde 1ère de Bourgogne.
La comtesse Béatrice II de Bourgogne meurt en 1231, à l’âge de 40 ans.
Le 7 mai 1234, son mari Othon II de Bourgogne meurt, leur fils Othon III lui succède comme comte palatin de Bourgogne. En 1248, lorsque le comte Othon III meurt à son tour sans héritier, le comté échoit à sa sœur, la comtesse Adélaïde 1ère.
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