Fille de Albert Frédéric de Prusse, de son mariage avec Marie Eleonore de Clèves, fille du duc Guillaume "Rich" et de Marie d’Autriche . La princesse a grandi avec ses sœurs dans le château de Königsberg [1].
Elle épousa Joachim Frédéric, électeur de Brandebourg à Berlin, le 2 Novembre 1603. Ils se sont mariés pour des raisons politiques : d’une part, Joachim Frédéric espérait renforcer son influence sur la Prusse, où il a agi comme le régent pour le père fou de Eleanor ; d’autre part, il espérait prendre le contrôle de Juliers-Cleves-Berg [2] , héritage maternel d’Eleanor.
Eleanor est morte à l’âge de 23 ans, peu après avoir donné naissance à son unique enfant. Elle a été enterrée le 26 Avril 1607 dans la crypte familiale de la maison de Hohenzollern [3] dans la cathédrale de Berlin [4].
De son mariage Eleanor avait une fille, Marie Aliénor de Brandebourg , qui épousa le comte palatin Louis-Philippe de Palatinat-Simmern en 1631.