Il était sacristain de la cathédrale Sainte-Sophie [1] et fut élu en remplacement de Macédonius II , déposé et exilé sous l’accusation de nestorianisme [2]. Il fut choisi par l’empereur Anastase 1er en raison de ses tendances monophysites [3].
L’empereur était alors fortement influencé par Sévère d’Antioche et Philoxène de Mabboug . Le 4 novembre 512, le patriarche introduisit dans la liturgie de Sainte-Sophie et le lendemain à l’église Saint-Théodore l’addition au Trisagion [4] qui était due à l’origine à Pierre le Foulon , provoquant ainsi de violentes émeutes dirigées par des moines de la capitale les 4/8 novembre.
L’empereur Anastase dut fuir le Palais impérial, le consul Areobindus , époux de la princesse Anicia Juliana , fut acclamé empereur par la foule, et Anastase put à peine se rétablir grâce à un habile discours devant le peuple rassemblé dans l’Hippodrome le 8 novembre.
Cependant, dans le même temps, le patriarche d’Antioche Flavien II ayant lui aussi été déposé sous l’accusation de nestorianisme, Sévère fut intronisé à sa place le 18 novembre. Comme ce dernier qui le fit en 514, Timothée réunit en 515 un synode des évêques de son ressort qui proclama que l’Hénotique [5] annulait le concile de Chalcédoine [6].
Cependant,Vitalien, commandant des troupes impériales dans les Balkans et neveu de l’ancien patriarche Macédonius II, s’était rebellé en 513, en 514, ayant défait les troupes fidèles envoyées contre lui, il assiégea Constantinople où des émeutes éclatèrent à nouveau. Anastase promit de rétablir le Trisagion orthodoxe, de restaurer les évêques déposés pour leur attachement au concile de Chalcédoine, et de réunir un nouveau concile œcuménique.
Vitalien s’étant retiré, l’empereur n’honora aucune de ses promesses.
Il mourut à son poste trois mois avant Anastase.