Fille du duc Louis 1er de Bourbon et de Marie d’Avesnes, elle entre dans l’histoire le 29 novembre 1328, lorsque dans la chapelle du château de Bourbon-l’Archambault, son père signe sa promesse de mariage avec Guy de Lusignan, fils aîné du roi Hugues IV de Chypre. Ce mariage entre dans le cadre de l’active politique étrangère du duc qui cherche, depuis qu’il s’est croisé en 1316, à tisser des liens étroits avec l’Orient.
Partie à la fin de l’été 1329 d’Aigues-Mortes, la jeune princesse débarque à Famagouste en janvier 1330 et épouse en grande pompe Guy de Lusignan, connétable de Chypre et héritier de la Couronne.
En 1335, elle donne naissance à un fils, nommé comme son grand-père paternel, Hugues de Lusignan. En 1343 son époux Guy meurt, elle s’installe alors, comme le prévoit le contrat de mariage dans la maison de la princesse Lucie à Nicosie. La situation de Marie à la cour de Chypre devient difficile. La correspondance pontificale montre que Marie est en très mauvais termes avec son beau-père le roi Hugues IV et souhaite revenir en France.
Le roi s’y oppose malgré les pressions de Pierre 1er de Bourbon et du pape Clément VI. La question du sort de son fils, le jeune Hugues de Lusignan, semble être au centre du problème. D’après le contrat de mariage de 1328, il doit hériter de la Couronne de son grand-père. La situation s’aggrave encore lorsque le roi suspend les rentes de son douaire.
L’intervention du pape en avril 1346 est décisive, il envoie un nonce apostolique à Chypre pour ramener Marie en Occident et faire respecter les termes de son contrat de mariage.
Marie quitte Chypre avec son fils sans doute à la fin 1346 ou au printemps 1347. Sur le chemin de la France, elle fait escale à Naples. La politique reprend alors ses droits : le pape, et probablement son frère le duc Pierre 1er, l’invite à accepter un mariage avec Robert de Tarente, empereur latin de Constantinople. Ce dernier vit en effet une relation sulfureuse avec la reine Jeanne qui scandalise la cour pontificale. Le mariage est célébré à Naples en l’église San Giovanni Maggiore le 9 septembre 1347. Toutefois, dès janvier 1348, le royaume de Naples est envahi par les troupes du roi Louis 1er de Hongrie, venu venger l’assassinat de son frère, le premier époux de la reine. Robert de Tarente, ainsi que d’autres grands du royaume, rendent les armes au roi à Aversa le 17 janvier 1348. Lui et son frère Philippe, accusés de complicité dans le meurtre d’André de Hongrie, sont envoyés en captivité en Hongrie.
Marie entame alors une série de démarches diplomatiques en vue de faire libérer son nouvel époux. Elle est à Avignon en mai 1348 alors que la Peste noire fait des ravages. Elle se dirige ensuite vers Bourbon-l’Archambault, et passe la période de la pandémie auprès de sa famille.
En janvier 1352, la paix entre la reine de Naples et le roi de Hongrie est enfin conclue. Robert de Tarente est libérée et Marie et son fils se réinstallent à Naples.
De 1356 à 1357 le couple réside dans le Péloponnèse, dont Robert de Tarente est le seigneur en tant que prince d’Achaïe. N’ayant pas d’enfant, Robert institue Marie comme son héritière dans la principauté. A la mort de son époux le 11 septembre 1364, Marie de Bourbon entre en possession de la principauté d’Achaïe.
En décembre 1364 elle rencontre son ex-beau-frère le roi Pierre 1er de Chypre qui lui promet le paiement de son douaire, suspendu depuis 1346. Elle se rend à Chypre l’année suivante pour assister au mariage de son fils. De 1366 à 1370, Marie de Bourbon, secondée par son fils Hugues de Lusignan, est en conflit avec l’archevêque de Patras, puissant seigneur d’Achaïe. De guerre lasse, en 1370, Marie abandonne ses droits souverains sur l’Achaïe à Philippe II de Tarente se réservant seulement la baronnie de Kalamata. Elle s’installe alors définitivement à Naples.
De son hôtel napolitain, elle continue de jouer un rôle dans les affaires diplomatiques européennes, en particulier dans la complexe politique matrimoniale napolitaine.
Elle décède à Naples en 1387 et fut inhumée en l’église Santa Chiara. Son fils Hugues de Lusignan étant mort sans héritier en 1385, elle fait de son neveu Louis II de Bourbon son légataire universel.
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