Il était le fils de Tughlugh Timur. En 1363 Timur Tughlugh, qui après avoir exécuté plusieurs de ses chefs locaux, le nomma à leur place. La cruauté avec laquelle Tughlugh Timur et Ilyas Khoja régnèrent sur la région amena Amir Husayn du Qara’unas et Amir Timur du Barlas à une opposition conflictuelle.
Ensemble ils firent face à une armée de Tughlugh Timur et de Ilyas Khoja aidés par des alliés locaux et les ont défaites. Peu après, Tughlugh Timur décède et Ilyas Khoja devint Khan du Moghulistan [1].
En 1365 il retourna à Transoxiana. En mai il défit Amir Husayn et Timur, mais, arrivé devant les portes de Samarkand il mit le siège. Celui-ci fut désastreux.
Une peste parmi les chevaux le priva de leur puissance, et il fut forcé de quitter Transoxiana.
Il décède en 1368
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