Fils et successeur de Charles II de Navarre, il épouse Eléonore de Trastamare, fille du roi Henri II de Castille, en 1375. Il mit fin aux conflits entre les deux royaumes et créa une relation d’amitié qui continua au temps des rois de Castille Jean 1er et Henri III.
Il succéda à son père en janvier 1387, et s’appliqua à vivre en paix avec ses voisins. Il renonça aux prétentions de son père sur plusieurs provinces de France. Par le Traité de Paris en1404 furent résolus les différends avec Charles VI de France par sa renonciation aux fiefs français de sa maison : la Champagne et la Brie. Dans un contexte de crise économique, de pacifisme extérieur et d’aristocratisation croissante de la société, Charles III inaugura une politique plus conforme aux possibilités et aux ressources de Navarre. Il réussit à desserrer les liens avec la Castille, l’Aragon, la France et l’Angleterre grâce à une politique de collaboration, d’appui au pape d’Avignon et d’alliances matrimoniales. Il chercha aussi la paix avec l’Aragon par le mariage de l’infante Blanche avec Martin le Jeune en 1402.
Il aida la Castille dans ses guerres contre Grenade et arrangea les mariages de l’Infant don Juan, fils de Fernand d’Antequera, avec les infantes Isabelle et Blanche en 1412. L’alliance entre la Navarre avec la maison française de Foix fut son œuvre.
Parmi ses réformes politiques on doit retenir la création la « Cort » ou tribunal suprême en 1413. Il créa le titre de Prince de Viana en 1423 pour les héritiers au trône du royaume de Navarre, le premier étant son petit-fils Charles. Il protégea les arts, fit achever la cathédrale gothique de Pampelune et construire les palais royaux de Tafalla et d’Olite, où il mourut le 8 septembre1425. Blanche 1ère de Navarre lui succède.