Fille et héritière de Louis de Male, comte de Flandre, de Nevers, de Bourgogne et d’Artois. Nièce et héritière de la duchesse Jeanne de Brabant et de Limbourg et petite-fille de Marguerite 1ère de Bourgogne.
En 1357, à l’âge de sept ans, elle épousa en premier mariage Philippe de Rouvres, son cousin au deuxième degré, petit fils et héritier du duc Eudes IV de Bourgogne. Veuve en 1361, à l’âge de 11 ans, Marguerite devint duchesse héritière de Bourgogne.
En 1368, après la mort de sa mère, elle devient duchesse de Brabant et de Limbourg.
En 1369, elle épousa en secondes noces Philippe le Hardi.
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