Second fils du roi Alphonse II et de son épouse Urraque de Castille il succéda à son frère Sanche II en 1247.
En tant que second fils, Alphonse n’était initialement pas destiné à hériter du trône du Portugal, dévolu à son frère aîné Sanche. Pour cette raison, il partit s’établir en France où il se maria avec Mathilde de Boulogne en 1238 devenant ainsi comte de Boulogne. Cependant, en 1246, les conflits entre Sanche II et l’Église s’aggravèrent et le pape Innocent IV donna l’ordre de remplacer le roi par le comte de Boulogne. Alphonse accepta l’ordre du pape et retourna au Portugal où il fut couronné roi en 1247, après que Sanche II fut parti en exil à Tolède en Espagne.
Pour accéder au trône, il dut renoncer au comté de Boulogne et en 1254 faire annuler son mariage avec Mathilde pour se marier avec l’infante Béatrice de Castille. Suite à une plainte de Mathilde au pape Alexandre IV, il est excommunié en 1257 avec un interdit sur tout le royaume, qui n’est levé qu’en 1262 après la mort de Mathilde.
Pour ne pas avoir les mêmes problèmes que son frère, le nouveau roi s’intéressa spécialement à la classe moyenne des commerçants et des petits propriétaires et tint compte de leurs plaintes. En 1254, il convoqua à Leira, la première réunion des Cortès, l’assemblée générale du royaume avec des représentants de toute la société. Alphonse III proposa une législation qui limitait la possibilité aux classes privilégiées de profiter des moins favorisés et accorda beaucoup de privilèges à l’Église. Reconnu comme excellent administrateur, Alphonse III organisa l’administration publique, et favorisa le développement des villes.
Ayant bien pris en main le royaume, et la situation interne étant pacifiée, il reprit la Reconquista du Sud de la péninsule Ibérique contre les communautés musulmanes. Durant son règne, la cité de Faro fut reconquise en 1249 et la province de l’Algarve fut incorporée au royaume de Portugal. Après cette campagne victorieuse, naquit un conflit avec la Castille qui prétendait que l’Algarve lui appartenait, mais après une période de guerre entre les 2 pays, un traité fut signé à Badajoz, en 1267, qui définit la frontière sur le Guadiana.
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