Fils de Henri le Lion, duc de Bavière, il se fit élire roi des Romains en 1198, avec l’appui des guelfes [1], contre Philippe de Souabe, candidat des gibelins [2]. Innocent III fit savoir dès 1198 qu’il lui revenait d’arbitrer la compétition entre Philippe et Otton.
Des princes, ecclésiastiques aussi bien que laïcs, eurent beau protester énergiquement à Spire en 1199 contre cette intrusion du pape dans les affaires de l’empire, en 1200 le verdict tomba, formulé dans une “Délibération sur le problème de l’empire”. Comme tout le laissait prévoir, il était favorable à Otton qui avait cédé sur les droits impériaux en Italie centrale et reconnu la suzeraineté du Saint-Siège sur l’État normand. Mais il avait plus d’alliés au-dehors que de partisans à l’intérieur de l’Allemagne ; Philippe réussit à se faire réélire et couronner à Aix-la-Chapelle.
Réaliste, Innocent III se tourna vers celui qui semblait l’emporter ; des négociations aboutirent en mai 1208 à une solution de compromis, moyennant quelques arrangements imposant aux 2 parties des concessions pénibles mais supportables, le pape s’apprêtait à reconnaître Philippe lorsqu’un nouveau coup du sort réduisit à néant les espoirs de ceux qui attendaient la fin du conflit.
Des raisons personnelles poussèrent le comte palatin de Bavière à tuer Philippe à Bamberg [3], le 21 juin 1208. Le pape, le couronna à Rome, le 4 novembre 1209.
Il avait épousé la fille de son rival. Mais il envahit la Sicile, l’année suivante, et le pape l’excommunia. Les gibelins, soutenus par le roi de France Philippe II Auguste, lui opposèrent alors Frédéric II de Hohenstaufen en 1211. Il tenta de résister, mais la défaite qu’il subit dans son entreprise anti-capétienne à Bouvines en 1214 entraîna l’écroulement de son parti en Allemagne et le triomphe du pape et de Frédéric qui allait par la suite, sans qu’on le soupçonnât vraiment sur le champ, devenir le plus implacable adversaire du Saint-Siège.
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