Il mena la vie des solitaires du désert, fut disciple de saint Antoine, devint évêque et fut cruellement persécuté sous Maximin. Avec l’empereur Constantin, qui lui témoigna une estime toute particulière, Paphnuce reprit possession de son siège et assista au concile de Nicée en 325 [1].
Ce concile ayant voulu défendre aux prêtres d’habiter avec les femmes qu’ils avaient épousées étant laïques, Paphnuce, au rapport de Socrate et de Sozomène, s’éleva contre cette résolution en représentant que c’était imposer à plusieurs de ces ecclésiastiques un joug qu’ils ne pourraient porter et à leurs femmes un devoir préjudiciable à l’honneur conjugal et qu’il fallait se conformer à ce qui s’était pratiqué jusqu’alors, que les clercs non mariés restassent célibataires et que les clercs mariés continuassent d’être époux.
Au concile de Tyr en 335 [2], il défendit le patriarche Athanase et détacha du parti des ariens [3] Maxime évêque de Jérusalem, le compagnon de son martyre.