Il joua un rôle politique, juridique et religieux important dans le despotat d’Épire [1]. Après avoir étudié à Constantinople [2], il devint évêque de Naupacte [3] et joua un rôle de premier plan dans la rivalité entre l’Église d’Épire et le patriarcat œcuménique de Constantinople [4] en exil dans l’Empire de Nicée [5]. Ses nombreuses lettres adressées aux autorités civiles, aux autres métropolites [6] et à ses suffragants ont fait de lui un écrivain important pour la connaissance de cette période.
Jean naquit dans la famille aristocratique des Apokaukos [7]. Il fut ordonné diacre [8] par son oncle, Constantin Manassès , métropolite de Naupacte vers 1180.
En 1185/1186, il devint notaire au patriarcat de Constantinople, poste auquel il fut reconduit en 1193. En 1199 ou 1200, soit quelques années avant la chute de Constantinople aux mains des Latins, il fut nommé métropolite de Naupacte, ville autrefois prospère devenue la proie des pirates et dont l’Église était réduite au 12ème siècle à l’état de pauvreté, avec un clergé d’une dizaine de clercs à peine. Il s’employa jusqu’en 1232 à lui rendre sa prospérité.
Pendant toute cette période, il n’eut de cesse de prêcher la résistance aux Latins tout en reconnaissant que si l’empire unifié demeurait un idéal, il n’existait plus dans les faits, permettant l’existence de deux empereurs, l’un à l’ouest, l’autre à l’est. AvecDémétrios Chomatènos ou Chomatianos et Georges Bardanès, il devint l’un des principaux avocats de l’indépendance politique et religieuse du despotat d’Épire face à l’Empire de Nicée. À la tête du synode des évêques épirotes, il demanda et obtint que l’archevêque autocéphale d’Ohrid [9], Démétrios Chomatènos, couronne en 1224 le despote d’Épire, Théodore Ange Doukas, empereur à Thessalonique [10], geste qui concernait à la fois l’empereur et le patriarche puisqu’il récusait en même temps la prétention de l’archevêque de Nicée à la succession des patriarches de Constantinople. Le schisme ainsi inauguré dura jusqu’en 1231.
En 1232, il se retira au monastère de Kozyle, près d’Arta [11], où il devait mourir l’année suivante.
Partisan de l’indépendance de l’Épire sur le plan politique, il se fit le défenseur des citoyens ordinaires sur le plan social et eut maille à partir avec le souverain local, Constantin Comnène Doukas , frère cadet du despote d’Épire, Théodore Comnène Doukas. Apokaukos protesta conte le gouvernement autoritaire et les taxes exagérées qui frappaient l’Église et, par conséquent, la population établie sur ses terres.
Ces conflits conduisirent à sa déposition et à son exil en 1220, conflit qui ne fut résolu qu’en mai de l’année suivante à la suite d’un synode réunissant les représentants des sièges apostoliques les plus importants de Grèce et d’Épire. Les relations devaient s’améliorer par la suite entre Constantin Comnène et Jean Apokaukos, et devenir suffisamment cordiales pour qu’Apokaukos rédige un “encomium” à la mémoire de ce dernier.
L’œuvre littéraire d’Apokaukos consiste en poésies de jeunesse, quelque 145 lettres dont plusieurs sont destinées à Michel Choniatès , alors métropolite d’Athènes, et Théodore Comnène, despote d’Épire, ainsi que divers documents du synode de Naupacte.
Sa correspondance, adressée à d’autres métropolites, à ses propres suffragants, aux autorités politiques d’Épire, bref à ceux qui pouvaient l’aider à redresser la situation économique de son territoire, se distingue de celle des autres écrits similaires de cette époque.
Ses lettres sont importantes tant pour la compréhension de l’histoire du despotat d’Épire que de la rivalité existant entre le despotat et l’Empire de Nicée pour la reconquête de Constantinople et le retour à l’unité de l’empire
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