Né à Constantinople, il appartenait à une famille éminente et était le fils d’un asekretis [1] nommé Théodore, au service de l’empereur Constantin V. Sa mère s’appelait Eudocie.
Probablement vers le début des années 760, son père fut dénoncé comme partisan du culte des images et exilé dans la province du Pont [2]. Rappelé au Palais quelque temps plus tard, il refusa de renoncer à ses convictions et fut de nouveau banni, cette fois à Nicée [3], où il mourut après six ans.
Nicéphore suivit les traces de son père et devint à son tour asekretis, sans doute dès le règne de Léon IV le Khazar, qui pourtant était formellement iconoclaste comme son père, mais très mollement. Dans cette fonction, Nicéphore fut pendant plusieurs années le collaborateur du futur patriarche Taraise, à l’époque protasekretis [4].
Après l’élévation de Taraise au patriarcat, en décembre 784, Nicéphore continua d’exercer d’importantes fonctions gouvernementales. Pendant le 2ème concile de Nicée [5], il fut basilikos mandatôr [6] auprès du concile. C’est lui, entre autres, qui alla chercher le vieil évêque Grégoire de Néocésarée, dernier survivant du concile de Hiéreia [7], et le présenta devant l’assemblée, et qui lut une traduction grecque de la lettre adressée à l’empereur par le pape Adrien 1er, lettre qui avait d’ailleurs été expurgée.
Nicéphore resta à son poste jusqu’à une date inconnue dans les années 790. Le scénario le plus probable paraît être qu’il démissionna après la déposition et l’aveuglement de Constantin VI par sa mère Irène le 18 août 797. Il se retira en un lieu situé sur la rive asiatique du Bosphore, non loin de la capitale.
Sans doute après le renversement d’Irène le 31 octobre 802, il revint à Constantinople et fut nommé administrateur du ptôcheion [8] de la ville.
Après la mort du patriarche Taraise le 18 février 806, l’empereur Nicéphore 1er le Logothète consulta de nombreux dignitaires ecclésiastiques sans qu’aucune unanimité se dégage pour la succession. Il choisit alors lui-même son homonyme Nicéphore, bien qu’il fût un simple laïc, ce qui était également le cas de Taraise en 784.
Nicéphore prit l’habit monastique le 5 avril, fut ordonné prêtre le 9, et fut intronisé patriarche le 12, qui était le dimanche de Pâques.
Cette nouvelle transgression des règles canoniques suscita la protestation publique des moines rigoristes, notamment ceux du monastère Saint-Jean de Stoudios [9], qui éprouvaient déjà de la rancœur depuis le renversement de la dévote Irène et l’instauration du règne à tendance laïque de Nicéphore le Logothète.
Théodore Studite et son oncle Platon de Sakkoudion furent incarcérés pendant 24 jours. Le conflit avec les moines rebondit peu après quand l’empereur requit du patriarche la réintégration dans le clergé du prêtre Joseph, qui avait célébré le deuxième mariage de Constantin VI en septembre 795 et avait été exclu par Taraise après la chute de Constantin en 797.
Le patriarche réunit un synode pour la forme et s’exécuta. Ce conflit aboutit en janvier 809 à la condamnation pour schisme de Théodore Studite, de son frère le métropolite Joseph de Thessalonique pourtant nommé par Nicéphore et de Platon de Sakkoudion, et à leur relégation dans des îles de la mer de Marmara.
Après la mort de Nicéphore le Logothète à la bataille de Pliska [10] le 26 juillet 811, le patriarche accompagna le désistement de son fils Staurakios, très grièvement blessé, en faveur de son beau-frère Michel Rhangabé le 2 octobre suivant. Le nouvel empereur rappela Théodore Studite et ordonna que le prêtre Joseph soit à nouveau destitué. Le patriarche dut encore se soumettre, et l’influence de Théodore Studite prévalut sur la sienne pendant ce règne, les deux hommes étant souvent d’avis opposés.
Michel Rhangabé, lourdement défait par les Bulgares à la bataille de Versinikia [11] le 22 juin 813, abdiqua le 10 juillet au profit du général Léon l’Arménien. Nicéphore prétendit exiger de celui-ci une déclaration formelle d’orthodoxie notamment sur la question du culte des images, mais il n’obtint rien, et dut quand même procéder au couronnement.
Au printemps 814, après la mort soudaine du khan Kroum le 14 avril desserrant l’étreinte militaire, Léon V nomma une commission dirigée par Jean le Grammairien et Antoine de Syllaion pour rassembler une documentation en faveur de l’iconoclasme. Le patriarche fut entièrement tenu à l’écart et fit en vain des démarches inquiètes auprès du Palais.
En décembre, l’empereur, prétendant se faire le porteur de la vox populi, demanda à Nicéphore de faire enlever les icônes des églises, ce que le patriarche refusa. Une assemblée eut lieu au Palais, en présence de l’empereur, le jour de Noël, où s’affrontèrent partisans et adversaires des images ; dans le camp iconodoule, Nicéphore et Théodore Studite étaient cette fois côte à côte.
Le patriarche fut déposé le 13 mars 815, et remplacé par Théodote Mélissène dit Théodote Ier Cassitéras . Il se retira dans le monastère Ta Agathou, au nord de Chrysopolis [12], qu’il avait peut-être fait construire lui-même. Peu après, sur ordre de l’empereur, il dut s’éloigner davantage de la capitale, jusqu’à un monastère Saint-Théodore, en Bithynie [13], qui était une autre de ses fondations.
Après l’assassinat de Léon V et l’avènement de Michel II le 25 décembre 820, il eut l’occasion d’être rétabli sur son siège, à condition qu’il accepte de se taire sur la question des images, mais il refusa. Il mourut à Saint-Théodore le 5 avril 828.
Après la restauration du culte des images le 11 mars 843, le patriarche Méthode 1er fit transférer ses restes à Constantinople, le canonisa, et le fit inhumer dans l’église des Saints-Apôtres, nécropole des empereurs.