Fils de Charles 1er de Hohenzollern et d’Anne de Bade-Durlach. Il épouse Euphrosyne von Oettingen, fille de Frédéric V comte von Oettingen zu Wallerstein et d’Euphrosyne née von Oettingen.
Veuf en 1590, Charles II de Hohenzollern-Sigmaringen épouse à Sigmaringen [1] le 13 octobre 1591 Élisabeth von Culemborg zu Palant, fille du comte Floris 1er von Culemborg et d’Elisabeth von Manderscheid, et veuve de Jacques III de Bade-Hachberg .
Au cours de l’année 1576, les possessions de la dynastie de Hohenzollern sont partagées entre les trois fils de Charles 1er de Hohenzollern. Il fonde alors la lignée des Hohenzollern-Sigmaringen.
Charles II de Hohenzollern-Sigmaringen fait reconstruire le château de Sigmaringen. En 1606, il ordonne la construction d’une église près du château. En 1595, il fait l’acquisition de la localité de Krauchenwies [2], celle-ci reste étroitement liée au comté de Sigmaringen. Lors de la cession de la principauté en 1850, cette localité est incorporée au royaume de Prusse [3].