Neveu du compositeur et organiste Pietro Andrea Ziani , avec lequel il a probablement étudié la musique et l’opéra.
De 1686 à 1691, il est nommé maestro di cappella [1] de Mantoue par le duc Charles III Ferdinand de Gonzague , mais développe simultanément sa carrière de compositeur d’opéras à Venise.
En 1700, il est nommé vice Hofkapellmeister [2] de Vienne par Léopold 1er du Saint Empire.
Le 1er janvier 1712, Charles VI du Saint Empire le promeut Hofkapellmeister. Johann Joseph Fux lui succédera par la suite à ce poste.
Marc Antonio Ziani meurt à Vienne le 22 janvier 1715.