Né dans une famille de banquiers génois. Son oncle Tommaso pourrait avoir été le premier membre de la famille de venir à Anvers. En 1567, Tommaso fut nommé consul de la nation génoise. Giovanni s’établi à Anvers à la fin de l’années 1550.
À partir de 1569 jusqu’en 1571 Giovanni Fiesque agi comme bailleur de fonds de l’empereur Philippe II d’Espagne dans la lutte contre la rébellion protestante.
Il était en charge des affaires financières à Gand, où Jean Baptista Spinola régulièrement, se porte caution pour lui, et à Besançon, où il a racheté les lettres de change pour son oncle. Il a joué un rôle dans la confiscation de la marchandise néerlandaise sur mer
Il devint un ami proche du riche marchand et amateur d’art Giovanni Grimaldi.
Vers la fin de sa carrière, l’influence de Fiesque au sein de la nation génoise augmenta. En 1585, il fut l’un des douze marchands génois éminents qui érigèrent une colonne de triomphe à la Meir à l’occasion de l’entrée de Alexandre Farnèse à Anvers. Selon certaines sources, il a finalement été nommé consul de la nation Génoise en 1597, avec Ottavio Spinola.
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