C’est un des représentants importants de l’école franco flamande après Josquin des Prés. Il s’établit en Italie pour y résider et travailler, fait œuvre de pédagogue et participe au développement du dernier style musical de la Renaissance en Italie. Il est considéré comme l’un des plus importants madrigalistes de son époque.
Il semble être né dans une famille aisée. On connaît peu de chose de sa formation musicale. En 1542, il est à Brescia où il demeure probablement jusqu’en 1546. C’est pendant ce séjour qu’il commence à se faire un nom en tant que compositeur, publiant un recueil de madrigaux et 2 recueils de motets qui furent très remarqués.
En 1547, il entre au service du duc Ercole II d’Este à Ferrare comme maître des chœurs. Il a comme élèves Jacques de Wert et Luzzasco Luzzaschi.
Quand Ercole meurt en 1559, il offre ses services à son successeur Alfonso. Le nouveau duc refuse et engage à sa place Francesco dalla Viola.
De 1560 à 1563, Cyprien de Rore travaille au service de Marguerite de Parme à Bruxelles. En 1562, il est choisi comme maître des chœurs à Saint-Marc de Venise mais démissionne en 1564 et retourne à Parme où il décède.