C’est à une blessure reçue lors du siège de Boulogne en 1545, qu’il doit d’être surnommé le Balafré. Lorsqu’il monte sur le trône, Henri II, dont il est l’ami depuis des années, le comble de faveurs. Parmi celles-ci, il lui permet d’épouser, en 1549, la petite-fille du roi Louis XII, Anne d’Este. En 1551, Henri II le fait grand chambellan et, en 1552, lui donne le titre de Joinville.
La manière dont il tient tête à Charles Quint en 1552 et 1553 à Metz, lui vaut de devenir populaire. Il est rappelé de l’expédition qu’il fait en Italie en 1557 après le désastre de Saint-Quentin. Nommé lieutenant général du royaume, il reprend Calais dès 1558.
Lorsque François II accède au trône, c’est lui et le cardinal de Lorraine qui assument la réalité du pouvoir et qui mènent la répression contre les huguenots. Leur fanatisme provoque la conjuration d’Amboise. Catherine de Médicis, régente du royaume, tente d’apaiser les passions, et cherche à se rapprocher des Bourbons huguenots. Cette démarche exaspère sa colère.
Après le massacre de Wassy que perpétuent ses propres hommes d’armes, François de Guise ne cesse plus de se battre contre les protestants. Le 18 février 1563, devant Orléans, il est assassiné par Poltrot de Méré.
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