Né au Carla-le-Comte ( [1]), près de Pamiers [2] en Pays de Foix [3], second fils d’un père pasteur, Instruit par son père, il apprend le grec et le latin. À cause de la pauvreté de sa famille il doit attendre la fin des études de son frère aîné, Jacob, pour débuter son cursus à l’Académie protestante de Puylaurens [4].
En 1669, il entre au collège des jésuites de Toulouse [5] et se convertit au catholicisme. Après 17 mois, le 21 août 1671, il abjure et revient au protestantisme. En tant que relaps il doit s’exiler à Genève [6], où il entreprend des études de théologie et de philosophie et découvre notamment la pensée de Descartes. Pour subsister, il devient précepteur.
Il revient incognito en France, pendant quelques années, il signe du nom de Bêle, travaillant comme précepteur à Rouen [7] en 1674 puis à Paris. En 1675 sur les instances de son ami Jacques Basnage , il présente sa candidature à l’Académie de Sedan [8] où, à l’issue d’un concours et grâce au soutien de Pierre Jurieu , il est nommé professeur de philosophie et d’histoire.
En 1681, Louis XIV fait fermer l’Académie de Sedan. Il part à Rotterdam [9] et le 8 décembre, il est nommé professeur de philosophie et d’histoire. Il vécu la majeure partie du reste de sa vie dans cette ville. Mais ses positions de protestant peu orthodoxe l’obligent à abandonner son poste en 1693.
Il a soutenu le Calvinisme [10] mais était également un avocat de la tolérance religieuse, affirmant que la moralité était indépendante de la religion.
Ses continuelles polémiques contre le catholicisme, mais aussi contre certains théologiens protestants qui l’accusent d’athéisme, lui ont valu beaucoup d’ennemis et bien des déboires personnels ; néanmoins, ses oeuvres seront diffusées partout et auront une influence considérable.
En 1682, il publie anonymement à Rotterdam la première édition de son livre sur les comètes où il est prouvé par plusieurs raisons tirées de la philosophie et de la théologie que les comètes ne sont point le présage d’aucun malheur. L’année suivante paraît la seconde édition augmentée avec le titre définitif : “Pensées diverses écrites à un docteur de Sorbonne à l’occasion de la comète qui parut au mois de décembre 1680”.
A partir de 1684, il entreprend la rédaction mensuelle des “Nouvelles de la République des Lettres”, revue faite de comptes rendus de livres de théologie, philosophie, histoire, érudition, etc., qui lui vaut une grande notoriété à travers toute l’Europe. Il entre ainsi en relation avec les principaux savants de son temps.
Considéré aujourd’hui comme le précurseur de toute la critique moderne, il soulève en son temps contre lui les jésuites et même des protestants ; nombre de ses livres sont brûlés en place publique sur ordre du roi de France. En 1685, après la révocation de l’édit de Nantes, Bayle apprend la mort en prison de son frère Jacob, qui avait refusé d’abjurer, il dénonce alors l’intolérance et prône une tolérance civile de toutes les confessions chrétiennes, du judaïsme, de l’islam et même pour les athées. Sans se décourager devant les obstacles, en 1687, il abandonne la publication des Nouvelles de la République des Lettres pour se consacrer pleinement au monumental Dictionnaire historique et critique publié à Rotterdam en 1697 puis en 1702 dans une édition augmentée, dont l’esprit critique annonce la pensée philosophique du 18ème siècle et devint l’arme érudite des déistes et des athées et aura sur les "Lumières" une influence multiforme.
En 1690 paraît un Avis important aux réfugiés exhortant les protestants au calme et à la soumission politique, ce qui provoque la colère de Pierre Jurieu. Ses ennemis, à la tête desquels se trouve Jurieu, parviennent à le faire destituer de sa chaire en 1693. En réalité, au-delà des querelles personnelles, ce sont deux conceptions politiques qui s’affrontent. Jurieu est partisan de la théorie du contrat, et affirme que « le peuple est celui qui fait les rois » et que « quand une des deux parties vient à violer ce pacte, l’autre est dégagée ». Bayle, suivant son « éthique d’historien » veut se montrer fidèle à la loyauté huguenote traditionnelle. De là, deux attitudes pratiques. Jurieu pousse ses coreligionnaires à soutenir Guillaume III d’Orange contre Louis XIV pour instaurer en France une république. Bayle estime cette attitude risquée pour les protestants français qui soutiendraient les adversaires de Louis XIV engagé dans la guerre de la ligue d’Augsbourg [11].
Jurieu le dénonce au consistoire comme impie et, au Prince d’Orange, devenu roi d’Angleterre, comme ennemi de l’Etat et partisan secret de la France. Mais grâce à la protection de Anthony Ashley-Cooper (3e comte de Shaftesbury dit Lord Shaftesbury , il échappe cette fois aux coups de ses persécuteurs.
Les dernières années de Bayle sont consacrées à divers écrits, provenant dans beaucoup de cas des critiques faites sur son Dictionnaire, qu’il cherche le reste de sa vie à développer.
Il meurt de la tuberculose à Rotterdam le 28 décembre 1706, à l’âge de 72 ans.
Les encyclopédistes des Lumières salueront en Pierre Bayle un de leurs inspirateurs et lui emprunteront sa thèse de l’incompatibilité entre la foi et la raison.
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