Fils est successeur du roi Aripert , il gouverne à Milan tandis que son frère Perctarith, avec qui il partage le trône, gouverne à Pavie.
Les relations entre les 2 frères ne tardèrent pas à se détériorer. En lutte avec son frère, Godepert appel à l’aide Grimoald , duc de Bénévent, qui intervient avec une armée mais qui décide de s’emparer du pouvoir.
Godepert est assassiné par Grimoald dans le palais de Pavie, après la fuite du roi Perctarith en 662. Son jeune fils, le prince Raghinpert , parviendra à s’échapper.