Deuxième fils de Johann Ambrosius Bach et de son épouse Maria Elisabetha Lämmerhirt, et frère aîné de Jean-Sébastien Bach .
Il fait ses études à l’École de latin d’Eisenach [1] de 1681 à 1685 et se rend ensuite à Erfurt [2] où, après avoir suivi l’enseignement de Johann Pachelbel, il est nommé organiste à la “Thomaskirche”.
Johann Christophe remplace ensuite son grand-oncle, Heinrich, devenu aveugle, à Arnstadt [3] en 1689 et 1690. À partir de 1690, il est organiste de la “Michaeliskirche d’Ohrdruf”. Le 23 octobre 1694 il épouse à Ohrdruf Johanna Dorothea vom Hofe qui lui donnera 9 enfants.
Après la mort de son père, il recueillit durant 5 années Johann Sebastian, son illustre frère cadet et fut son professeur de clavecin.
Durant ses 20 dernières années, il alternera, toujours à Ohrdruf, la conduite de l’orgue avec le métier de maître d’école.