Fils de Jean de Schleswig-Holstein-Sonderbourg et d’ Élisabeth de Brunswick-Grubenhagen . Le 23 mai 1624 il épousa Sophie de Saxe-Lauenbourg , fille du duc François II de Saxe-Lauenbourg et de Marie de Brunswick-Lunebourg .
Son père créa le titre de duc de Schleswig-Holstein-Sonderbourg-Glücksbourg [1] que Philippe porta dès 1622. Il est le premier duc de la lignée de Schleswig-Holstein-Sonderbourg-Glücksbourg.