Fils aîné du duc Jean II et de Dorothée-Marie d’Anhalt , il succède à son père à sa mort.
Il devient majeur en 1615 et prend en main le gouvernement du duché, ainsi que la garde de ses jeunes frères.
Il rallie l’électeur palatin [1] élu roi de Bohême Frédéric V et refuse de se soumettre à l’empereur Ferdinand II après la défaite de la Montagne Blanche [2]. Il est par conséquent dépouillé de ses titres, et son frère cadet Guillaume de Saxe-Weimar assure la régence du duché.
Après la perte de son titre, Jean-Ernest combat dans les armées néerlandaise et danoise. Passé au service d’ Ernst von Mansfeld , il meurt de ses blessures en Hongrie en 1626.