Il naquit à Acquoy dans la province d’Utrecht aux Pays-Bas dans une humble famille catholique. En 1602 il entra à l’Université de Louvain, alors en proie à une controverse passionnée entre le parti jésuite, ou scolastique, et les disciples de Michael Baius, qui ne juraient que par saint Augustin. Jansen finit par s’attacher fortement à ce dernier parti et devint à cette occasion le grand ami d’un condisciple qui partageait ses opinions, Jean du Vergier de Hauranne, futur abbé de Saint-Cyran.
Son diplôme obtenu, il se rendit à Paris en 1609, en partie pour améliorer sa santé en changeant d’air, en partie pour étudier le grec. Finalement, il rejoignit du Vergier dans sa maison de campagne près de Bayonne où ils passèrent quelques années en enseignant au collège épiscopal. Tout son temps libre il le passait à étudier les Pères de l’Église avec du Vergier et en établissant des plans pour une réforme de l’Église.
En 1616 il revint à Louvain prendre en charge le collège de Sainte-Pulchérie, résidence des étudiants néerlandais de théologie. Comme maître d’études les élèves le trouvaient irascible et exigeant, ayant peu de relations avec les autres. Néanmoins, il prit une part active dans la résistance de l’Université contre les Jésuites, qui avaient établi leur propre école de théologie à Louvain, et qui se posait en rivale de la Faculté universitaire. Dans l’espoir d’empêcher leurs empiètements, Jansen fut envoyé deux fois à Madrid, en 1624 et 1626. La deuxième fois il échappa de peu à l’Inquisition. Il soutint chaleureusement l’évêque missionnaire catholique aux Pays-Bas, Rovenius, dans ses démêlés avec les Jésuites, qui essayaient de recatholiciser le pays sans tenir compte des vœux de l’évêque. Il affronta aussi plus d’une fois le néerlandais Gisbertus Voetius, champion du calvinisme.
Son antipathie envers les Jésuites ne le rapprocha nullement du protestantisme, au contraire, il aspirait à les battre avec leurs propres armes, surtout en leur montrant que les catholiques pouvaient interpréter la Bible avec autant de mysticisme et de piété qu’eux. Ce fut le grand objet de ses conférences, quand il fut nommé professeur d’exégèse scripturaire à Louvain en 1630. Il travaillait de plus en plus son Augustinus, un énorme traité sur la théologie de saint Augustin, à peine terminé au moment de sa mort. C’était son occupation principale depuis son retour à Louvain.
Mais Jansen, selon ses propres mots, n’entendait pas rester un pédant de collège toute sa vie, et il y avait des moments où il nourrissait des ambitions politiques. Il attendait avec impatience le moment où la Belgique secouerait le joug espagnol et deviendrait une république catholique indépendante sur le modèle des Provinces-Unies protestantes. Ces idées furent connues des Espagnols qui étaient les maîtres du pays et, pour les apaiser, il écrivit une philippique, Mars gallicus en 1635. C’était une attaque violente contre les ambitions françaises en général et contre l’indifférence du Cardinal de Richelieu envers les intérêts catholiques en politique étrangère. Mars gallicus fit peu pour aider les amis de Jansen en France, mais il calma la colère de Madrid contre lui. En 1636 il fut nommé évêque d’Ypres. Mais il fut victime de la peste deux ans plus tard et l’Augustinus, le livre de sa vie, ne fut publié qu’après la mort de l’auteur en 1640.
Il est à l’origine du mouvement politico-religieux, le jansénisme, qui fut condamné par l’Église catholique romaine en 1653.
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