Le roi accorda aux jésuites l’autorisation régulière et définitive de vivre en France. En 1606, ils peurent reprendre possession de leur collège de la rue Saint-Jacques, mais à condition de ne pas y enseigner. Puis ils reçurent l’autorisation de donner un cours de théologie par semaine. Enfin, des lettres patentes le 20 août 1610 accordèrent au Collège de Clermont le droit de donner toutes sortes d’enseignements. Fureur et protestations indignées de l’université de Paris. Une action vigoureuse fut menée auprès du Parlement de Paris, qui, dans un arrêt en date du 22 décembre 1611, interdit aux jésuites d’enseigner à Paris. Il faudra attendre le 15 février 1618 pour que soit enfin autorisée, conformément aux lettres patentes de 1610, la réouverture du collège. Dès lors, bénéficiant de la protection officieuse du roi, le collège de Clermont s’achemine, de 1618 à 1682, vers son apogée. Il acquiert les locaux des collèges de Marmoutiers et du Mans, et se trouve désormais encadré au nord par le collège du Plessis, au sud par le collège des Cholets, à l’est par ceux de Reims et Sainte-Barbe. En 1656 et 1660, le collège des Cholets cède plusieurs terrains. Et les effectifs du collège de Clermont s’accroissent de façon vertigineuse. 2000 élèves dont 300 pensionnaires en 1620, 2500 vers 1640. Parmi les noms des élèves, on relève ceux des princes du sang, et tous les grands noms de l’armorial de France, Bourbon, Condé, Guise, Joyeuse, Lorraine, La Trémoille, Montmorency, Croy, la Tour d’Auvergne, Breteuil, Brienne, Clermont-Tonnerre, Nemours, Noailles, Polignac, Richelieu.
En 1674, le roi Louis XIV rend au collège une visite officielle et fait don d’une toile de Jouvenet "La Famille de Darius aux pieds d’Alexandre". En 1682, le collège parvient à la consécration suprême, Louis XIV lui accordant son patronage officiel. L’établissement reçoit le nom de “Collegium Ludovici Magni”, "Collège de Louis-le-Grand". Dès lors, bien qu’il n’ait encore jamais été agréé par l’Université de Paris, celui-ci donne un enseignement prestigieux et réputé à 3000 élèves, dont 500 pensionnaires, et étendit son rayonnement. Depuis sa création, le collège a établi une tradition d’ouverture au monde qui sera maintenue au cours des siècles.