Elle était la fille de Blanche 1ère reine de Navarre et de son second époux Jean II roi de Navarre et des différents territoires de la couronne d’Aragon. Elle fut complice de l’usurpation commise par son père, notamment au temps où sa sœur aînée Blanche II vivait encore. Le 30 juillet 1436, elle épousa le comte de Foix Gaston IV de la maison de Grailly.
Elle tint la Navarre pour le compte de son père de 1455 à 1479, d’abord avec le titre de général de Navarre puis avec celui de gouvernante de Navarre de 1471 à 1479.
Éléonore devint reine de Navarre dans les faits le 19 janvier 1479, tandis que les territoires de la couronne d’Aragon revenaient à son demi-frère Ferdinand II, dit Ferdinand le Catholique. Elle ne profita guère de cette nouvelle dignité, puisqu’elle mourut 3 semaines plus tard, le 12 février 1479.
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