Né à Alcochete [1], d’une branche cadette de la maison régnante, fils du prince Ferdinand du Portugal, duc de Viseu et de son épouse Béatrice du Portugal, il succéda en 1495 à son cousin Jean II dit le Parfait. Pendant son enfance et sa jeunesse, il assiste à une guerre d’intrigues et de conspirations entre l’aristocratie portugaise et le roi Jean II, particulièrement jaloux de son autorité. Certains hommes de son proche entourage sont tués ou exilés, son frère aîné, le duc Diogo de Viseu, fut assassiné par le roi en personne, en réponse à une tentative d’assassinat. En 1493, il reçoit donc avec inquiétude l’ordre du roi de se présenter à la cour. Jean II veut en réalité le désigner comme héritier de la couronne après la mort de son fils Alphonse du Portugal et ses tentatives infructueuses de légitimation de son fils bâtard Georges de Lancastre . Il monte sur le trône le 27 octobre 1495.
Comme ses prédécesseurs, il soutint activement les grandes explorations maritimes et développa les monopoles commerciaux.
Sous son règne, Vasco de Gama doubla le cap de Bonne Espérance [2] et Cabral aborda au Brésil en 1500. Francisco de Almeida devient le premier vice-roi des Indes et l’amiral Alphonse d’Albuquerque contrôle les voies commerciales de l’Océan Indien et du Golfe Persique pour le Portugal. Tout cela contribue à la construction de l’empire colonial portugais qui fait du Portugal un des pays les plus riches et plus puissants du monde.
Il utilise la richesse obtenue par le commerce pour construire des édifices royaux. Durant son règne, des liaisons commerciales et diplomatiques sont établies avec la Chine et la Perse et, pour impressionner le pape, il envoya une somptueuse ambassade à Rome.
Sur le plan intérieur, Les Cortes [3] ne sont réunies que 3 fois durant son règne de 26 ans. Il s’occupe de modifier les tribunaux et le système fiscal pour les adapter au progrès économique du Portugal.
Homme fort religieux, il consacre une bonne partie de la fortune du pays à la construction d’églises et de monastères, ainsi que dans l’évangélisation des nouvelles colonies par des missionnaires catholiques.
Après un début de règne favorable aux Juifs, suppression d’une taxe et libération des esclaves, le roi doit rapidement infléchir sa politique pour plaire aux Rois catholiques et appliquer une des clauses de son contrat de mariage avec Isabelle d’Aragon, devenue l’héritière du trône d’Espagne après la mort de son frère Jean .
Selon cette clause, tous les habitants du Portugal doivent obligatoirement être chrétiens. Un décret d’expulsion est promulgué le 5 décembre 1496. Ne souhaitant aucunement le départ des Juifs, le roi les contraint à la conversion. En compensation, ces nouveaux chrétiens reçoivent la garantie, limitée dans le temps, qu’aucune enquête ne serait menée au sujet de leur vie privée. Durant tout son règne, ceux qui le souhaitaient pouvaient ainsi continuer à pratiquer leur ancien culte clandestinement sans risque d’être inquiétés par les autorités.
La distinction entre les Anciens et les Nouveaux Chrétiens, les convertis, occasionne des tensions entre les deux communautés. Les choses dégénérèrent à Lisbonne, en 1506, lors d’une épidémie de peste.
Profitant de l’absence du roi et de ses troupes, 2 moines dominicains incitent la foule à s’en prendre aux convertis.
Au début, seuls ces derniers sont brûlés mais très vite, la folie meurtrière se généralise et, lors du pillage aveugle des maisons, les habitants sont tués ou violés sans distinction entre Anciens ou Nouveaux chrétiens.
Ces émeutes provoquent 2 300 morts. Le roi réagit fermement, fait exécuter plusieurs dizaines de coupables et ferme le couvent des dominicains.
Le 1er mars 1507, il élimine les différences juridiques entre les Anciens et les Nouveaux Chrétiens, qui obtiennent ainsi le droit de quitter le pays, ce qu’ils font en masse.
Il fit de sa cour un grand centre d’activité littéraire et scientifique.