Il fut membre de la Royal Society [1] de février 1676 jusqu’à sa mort.
Il est l’auteur d’un système de projection pour la construction des cartes ainsi qu’une désignation stellaire encore utilisée de nos jours : la désignation de Flamsteed. Il calcula avec précision l’éclipse solaire de 1666 ainsi que celle de 1668.
Il fut le premier chargé des travaux astronomiques à l’observatoire de Greenwich [2] en 1676. Avec des moyens fort imparfaits, il obtint des résultats remarquables.
En 1680, il comprend le premier que les deux comètes successivement apparues n’en font qu’une : celle de novembre ne fait qu’inverser sa direction lors de son passage derrière le soleil. Il adresse trois lettres à Isaac Newton où il lui présente sa théorie fondée sur l’existence de forces d’attractions et de répulsions semblables à celles de deux aimants entre le Soleil et la comète.
Mais Newton récuse à l’époque la possibilité d’une interaction entre les deux astres : il n’applique pas encore aux comètes, qui pour lui ont une trajectoire rectiligne et n’appartiennent pas au système solaire, les mêmes règles que pour les planètes.
En décembre 1690, il fait une pré découverte en observant ce qu’il croit être une étoile et la nomme 34 Tauri, en fait il s’agit d’Uranus, découverte 91 ans plus tard.