Né à Lisbonne, il était le fils du roi Manuel 1er de Portugal et de Marie d’Aragon , fille du roi Ferdinand II et de la reine Isabelle d’Espagne. Jean III succéda à son père en 1521.
Jean III établit dans son royaume le régime de l’Inquisition ecclésiastique. Il renouvela en 1522 l’alliance conclue par son père avec l’Éthiopie puis avec le Cambodge. Il envoie dans ce pays deux prédicateurs jésuites dont François Xavier en 1540. Deux ans après en 1542 sa flotte découvre le Japon.
Pour renforcer ses liens avec l’Espagne, il épouse le 3 février 1525 Catherine de Castille, sœur cadette de Charles Quint, dans la ville de Crato [1].
C’est sous son règne que commence le déclin de la puissance portugaise qui s’épuise pour conserver son hégémonie sur son riche mais lointain empire.
Le mariage de sa sœur Isabelle de Portugal avec le roi Charles Quint permit au roi de conforter son alliance avec l’Espagne et le Saint Empire romain germanique.
À la mort de Jean III le 11 juin 1557, seul son petit-fils Sébastien peut lui succéder.
Il fut enterré au Monastère des Hiéronymites [2] à Lisbonne
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