L’Angleterre avait décidé la Turquie à déclarer la guerre à la France. 2 armées turques se dirigèrent vers l’Egypte. L’une devait être transportée de Rhodes à Aboukir, sous la protection d’une flotte anglaise, l’autre, gagner l’Egypte par l’Asie Mineure et la Syrie. Bonaparte profita de l’hiver pour aller à la rencontre de celle-ci, avec 12 000 hommes environ et les généraux Régnier, Lannes, Kléber, Bon, Junot, la cavalerie de Murat et un régiment de dromadaires. Desaix dit le Sultan gardait l’Egypte.
Napoléon, entraîne son armée vers la Syrie, pour détruire l’armée du pacha de Damas, et pour s’échapper vers le nord. Puis il décide de faire le siège de Saint-Jean-d’Acre, dont il connaît les inépuisables ressources qui se trouvent derrière ces murs, nécessaires pour sa progression.
El-Arisch, Gaza, Jaffa furent enlevés au pas de course du 17 février au 3 mars 1799. Mais Saint-Jean d’Acre, défendu par Achmet Pacha, surnommé Djezzar, c’est à dire l’égorgeur, fortifié par l’émigré Phélippeaux, protégé par l’escadre anglaise de Sydney Smith, arrêta les Français du 20 mars au 10 mai. Pendant ce temps, 25 000 Turcs franchissaient le Jourdain au pont d’Iacoub. Junot n’ayant que 500 hommes, recula devant eux, après leur avoir livré un brillant combat à Nazareth le 8 avril et se replia sur Kléber en avant du village de Fouli, au pied de mont Thabor.
Le 16 avril, Kléber se décida à attaquer l’armée turque, dont l’infanterie se déployait dans la plaine. Kléber avait à peine 3 000 fantassins formés en carrés. C’est en vain que toute la cavalerie ennemie s’élança sur les carrés français. Heureusement Bonaparte déboucha du mont Thabor avec la division Bon qu’il partage en 2 carrés qui s’avancent de manière à former un triangle avec la division Kléber, mettant ainsi l’ennemi au milieu d’eux. Bientôt un feu épouvantable, partant des 3 extrémités de ce triangle, assaillit la cavalerie turque, la fit tourbillonner sur elle-même et fuir en désordre dans toutes les directions. Alors la division Kléber enlèva à la baïonnette le village de Fouli.
Bonaparte revient devant Saint-Jean-d’Acre, mais, après deux nouveaux assauts infructueux, il dû renoncer à prendre la ville. L’armée, réduite à 9 000 hommes, battit en retraite, traînant la peste après elle en mai - juin.
A peine rentré en Egypte, Bonaparte se porte sur Aboukir, rallie Marmont, et, à Aboukir, jette littéralement à la mer la seconde armée turque, forte de 18 000 hommes le 25 juillet.
C’est alors qu’à la lecture des nouvelles de France, il se décide à s’embarquer le 22 août 1799, laissant à Kléber le commandement de l’armée. La veille au soir, il s’était embarqué à bord du Lamuiron. Les brises favorables l’éloignent d’Alexandrie.
Kléber, devant le sentiment général peu favorable à l’occupation, entre en pourparlers avec Sydney Smith pour l’évacuation. Mais l’amiral Keith refuse de reconnaître la convention d’El-Arisch. Kléber, indigné, rompt tous les pourparlers. Avec 15 000 hommes, il marche contre le Grand Vizir dont les 80 000 hommes furent battus et dispersés à Héliopolis le 20 mars. Il écrase une insurrection au Caire, et se trouve plus que jamais le maître du pays. Malheureusement, il sera assassiné le 14 juin 1800 par un fanatique.
Menou, qui lui succède, est battu à Canope par l’Anglais Abbercromby le 21 mars 1801, son lieutenant Belliard capitule au Caire le 25 juin, lui même capitule à Alexandrie, à la condition que les troupes soient rapatriées le 31 août 1801.
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