Né à Lisbonne, fils de l’Infant Louis de Portugal et petit-fils de Manuel 1er de Portugal, il fut l’un des candidats au trône du Portugal durant la crise de succession portugaise de 1580. Sa mère était Violante Gomes, surnommée a Pelicana0 [1], une femme du peuple. Selon certains historiens, c’était une nouvelle chrétienne ou une juive, ainsi qu’on avait l’habitude de la désigner, qui séduisit Louis avant de se marier avec lui en secret.
Antoine fut disciple de Barthélemy des Martyrs à Coimbra [2] et entra dans l’Ordre des Hospitaliers, dont son père était le Prieur. En 1574, il devint gouverneur de Tanger.
Il fait ses études au monastère de Costa, à Coimbra, il étudie la philosophie, à Évora [3], la théologie, avant d’être reçu comme Prieur de Crato dans l’ordre de Saint-Jean de Jérusalem [4]. Il refusa pourtant d’être ordonné prêtre et mena une vie de débauche.
En 1578, il accompagna le roi Sébastien 1er lors de la campagne marocaine. Fait prisonnier à l’issue de la bataille, on raconte qu’il parvint à obtenir sa libération par la ruse.
À son retour au Portugal, le pays se trouve plongé dans une crise de succession, le jeune roi ayant disparu dans la bataille. C’est en tant que petit-fils de Manuel 1er qu’il affiche sa prétention au trône.
Plusieurs raisons motivaient l’invalidation de sa candidature au trône du Portugal, son statut de bâtard et de fils de nouveau chrétien encore que cette dernière affirmation ne soit pas prouvée, le fait que son père ait été Prieur de l’Ordre de Crato, ce qui ne lui permettait pas de se marier sans autorisation papale ou encore la vie de débauche qu’il mena dans sa jeunesse.
Quoi qu’il en soit, il est battu à la bataille d’Alcántara [5] par Ferdinand Alvare de Tolède, troisième duc d’Albe, général de Philippe II, et se voit forcé de quitter le Portugal. Il erre dans les pays étrangers, faisant de vains efforts pour relever son parti.
Il est accueilli en France par Henri III en juillet 1581. Il tente de s’emparer des Açores avec une flotte française qui est battue à la bataille des Açores [6] le 26 juillet 1582. Une seconde tentative échoue les 26-27 juillet 1583. Il loge alors en Vendée, chez Françoise de Rohan la dame de la Garnache à Beauvoir-sur-Mer [7], puis en Bretagne et en Angleterre sur les conseils de René II de Rohan . En 1589, une flotte anglaise commandée par Francis Drake et John Norreys échoue elle aussi à le restaurer.
Il finit ses jours à Paris en 1595, à 64 ans.