Il succède à Cyrille sur le trône épiscopal de Jérusalem. Certains lui attribuent aujourd’hui les 5 Catéchèses mystagogiques qui sont en général transmises en même temps que les 19 Catéchèses baptismales de Cyrille de Jérusalem.
L’autorité de Jean fut durement contestée à 2 reprises par Jérôme de Stridon, alors abbé à Bethléem. Au moment de la première controverse origéniste, déclenchée par l’évêque Épiphane , Jérôme a vivement critiqué l’accueil réservé par Jean aux 400 moines “origénistes” [1] chassés des déserts égyptiens par l’évêque d’Alexandrie Théophile. La polémique déclenchée en 414 par Jérôme lui-même puis par un autre prêtre latin du nom d’ Orose de Braga * (Paul Orose), était dirigée contre le diacre Pélage, qui était alors accueilli à Jérusalem tandis que sa doctrine « pélagienne » était en proie en Occident à de violentes critiques, en particulier d’Augustin d’Hippone.
Du fait de sa “damnatio memoriae”, les œuvres de Jean II n’ont en général pas été conservées sous son nom, mais, outre les Catéchèses mystagogiques, il est fort probable que certaines homélies, en grec, géorgien ou arménien, doivent lui être restituées.
On lui attribue aussi l’édition du “lectionnaire liturgique de Jérusalem”, conservé dans une vieille version arménienne.