Fils de Baudouin V, comte de Hainaut, et de Marguerite d’Alsace, comtesse de Flandre. Il hérite de la Flandre, amputée de l’Artois depuis 1191, à la mort de sa mère le 15 novembre 1195 et du Hainaut à celle de son père le 18 décembre 1195, réunissant en sa personne les deux branches de la Maison de Flandre qui s’étaient séparées après la mort de Baudouin VI.
Il épousa le 6 janvier 1186 Marie de Champagne, fille d’Henri 1er le Libéral, comte de Champagne et de Marie de France.
S’il prête rapidement hommage à Compiègne à Philippe Auguste, il reste dans une prudente attente dans le conflit franco-anglais, mais est obligé par le roi de France à donner des garanties supplémentaires à sa foi. Le roi reçoit le serment des barons flamands de lui rester fidèle et la menace d’un anathème plane sur le comte en cas de parjure, enfin, les fiefs de Boulogne, Guînes et Oisy sont cédés à la Couronne. Taxé de faiblesse à son retour par les Flamands, il s’allie alors à Richard Cœur de Lion et demande au roi de France le retour à la Flandre de Lens, Arras, Hesdin, Bapaume, Saint-Omer et Aire.
Devant le refus du roi, il entre en Artois, tandis que le duc Richard occupe les forces françaises en Normandie et met le siège devant Arras. Philippe Auguste réagit, repousse Baudouin jusqu’à l’Yser, mais le comte fait alors ouvrir les écluses sur le camp français. Le roi de France, enserré par les eaux et les armées flamandes n’a d’autre choix que de céder aux exigences de Baudouin, promesses qu’il fait rétracter par son conseil sitôt revenu à Paris. Baudouin prend à nouveau les armes et occupe Aire et St-Omer.
La comtesse Marie intervient alors et s’entremet entre le comte, son mari et le roi de France, son oncle. Son intervention débouche sur la conférence de Péronne en janvier 1199, où les 2 parties arrivent à un accord. Le roi conserve les terres au-delà du Fossé Neuf, tandis que Baudouin garde ou recouvre Douai, Ardres, Lillers, La Gorgue, Richebourg, Aire, Saint-Omer, l’avouerie de Béthune et l’hommage du comté de Guînes. Ce succès renforce la popularité du comte auprès de ses barons et de ses villes.
Le comte entend alors la prédication à la croisade d’Erluin et de Pierre de Roussy, envoyés en Flandre par le pape. Baudouin et son épouse Marie de Champagne prennent alors solennellement la Croix le 23 février 1200 en l’église St-Donat de Bruges, suivis par une foule de chevaliers flamands. Il prend, avec Thibaud de Champagne, Louis de Blois et Hugues IV de Saint-Pol la tête de l’expédition. Avant le départ, il confie à son frère Philippe, comte de Namur, la régence de Flandre, assisté d’un conseil composé du chancelier Gérard, prévôt de St-Donat, son oncle, de Baudouin de Comines, des châtelains de Bruges, de Gand et de Lille.
Les armées gagnent Venise où un accord a été trouvé avec la république maritime pour transporter les Croisés en Orient, la moitié des conquêtes devra aller à la ville de saint Marc. Les Croisés prennent d’abord Zara comme paiement aux Vénitiens, puis à la demande de Philippe de Souabe, la croisade est détournée pour secourir son beau-frère Alexis Ange dont le père Isaac II a été renversé à Constantinople par son frère, devenu Alexis III. Le détournement est appuyé par le doge de Venise Enrico Dandolo. Chalcédoine en Bithynie est rapidement investie, puis Galata, et les Croisés arrivent donc sous les murs de Constantinople. Alexis III s’enfuit, Isaac II est libéré par les Grecs et doit céder aux conditions exigées par les Croisés pour l’aide accordée à son fils devenu Alexis IV.
Dès avril 1204, la situation se dégrade : les indemnités promises ne sont pas payées. La position d’Alexis IV est devenue intenable et il a été renversé en janvier par Alexis Murzuphle. L’énergique Alexis V renforce les défenses de la ville et refuse toute négociation. Le lundi de Pâques 1204, les Croisés prennent et saccagent alors l’antique Byzance, dont Baudouin est rapidement élu empereur avec l’appui des Vénitiens.
Couronné Baudouin 1er premier empereur latin de Constantinople le 16 mai 1204, le nouveau souverain respecte les accords passés pendant le siège de la ville avec Dandolo, les Vénitiens reçoivent les 3/8 de la ville et de l’Empire.
Baudouin se heurte rapidement aux réticences des Grecs et à l’intervention des Bulgares, appelés à l’aide. Il assiège Andrinople qui s’est soulevée, mais qui espère l’arrivée du tsar des Bulgares Jean Kalojan. Le comte de Blois, désobéissant à l’empereur, se porte au-devant d’eux, ce qui contraint Baudouin à lui prêter secours. Le 15 avril 1205, les Francs sont battus devant Andrinople, le comte de Blois est tué. Baudouin est fait prisonnier selon Geoffroi de Villehardouin.
Sa disparition, suivie six semaines plus tard de celle de Dandolo, nonagénaire, entraîna un partage des terres conquises et des querelles que son successeur, son frère Henri, ne sut éviter.
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