Membre de la famille Hohenzollern, fils de Jean II Georges de Brandebourg et de Sophie de Liegnitz .
En 1566, il devint archevêque luthérien de Magdebourg [1]. Il fit construire la première verrerie du Brandebourg, où des artisans de Bohême vinrent travailler.
En 1570, il épousa Catherine de Brandebourg-Küstrin , fille de Jean 1er de Brandebourg-Küstrin .
Veuf, il épousa Éléonore de Prusse , fille du duc Albert Frédéric de Prusse. Albert Frédéric de Prusse étant atteint d’une aliénation mentale, Joachim III Frédéric de Brandebourg devint régent du duché de Prusse.
En 1603, il fit percer le canal de l’Oder-Havel. Adoptant les plans des écoles de Saxe, Joachim III Frédéric fit construire à Joachimsthal [2] le lycée de Joachimsthalsche [3].
Il décéda d’une embolie cérébrale sur la route de Storkow à Berlin.