Il arrive à Rome vers ses vingt ans et se trouve sous la protection d’un mécène éclairé : le cardinal Montalto qui deviendra en 1585 le pape Sixte V.
Il s’illustre par les travaux de l’aménagement de la chapelle du Saint-Sacrement et le tombeau de Nicolas IV , à Sainte-Marie-Majeure [1] entre 1570 et 1580.
Sixte Quint lui confie en 1586 la tâche de dresser l’obélisque qu’on voit actuellement sur la place Saint-Pierre de Rome, et qui était alors sur le côté de la basilique Saint-Pierre de Rome, à moitié enseveli sous des ruines.
Fort de cette expérience et toujours à la demande de Sixte Quint, il récupère, en 1587, l’obélisque placé par l’empereur Auguste au Circus Maximus [2] et le dresse sur la Piazza del Popolo. Il installe deux autres obélisques, sur la place Sainte-Marie-Majeure et la place Saint-Jean de Latran et exécute l’aménagement de la place du Quirinal.
Il collabore aux travaux de Giacomo della Porta et Rome lui doit aussi le palais pontifical de Montecavallo, au Quirinal [3], la bibliothèque du Vatican [4], la Fontana dell’Acqua Felice [5].
La dernière année du pontificat de Sixte V, il construit avec Giacomo della Porta, le dôme de Saint-Pierre imaginé par Michel-Ange.
À la mort de Sixte Quint, Fontana en disgrâce est accusé, par des ennemis jaloux, d’avoir détourné à son profit des sommes considérables et se voit obligé de quitter Rome. Il se retire à Naples, y est nommé ingénieur du roi, et y construit la fontaine Médina* et le palais royal.