Fils illégitime du roi Ferdinand le Catholique et d’une noble catalane. Il est nommé archevêque de Saragosse le 14 août 1478, à l’âge de 8 ans.
Il fait réaliser d’importants travaux dans la cathédrale Saint-Sauveur de Saragosse [1]. À la mort de son père, en 1516, il devient vice-roi, régent et gouverneur du royaume d’Aragon [2] et des territoires rattachés à cette couronne. Il occupe ces fonctions jusqu’à la majorité de son neveu Charles le futur Charles 1er d’Espagne et futur Empereur romain germanique Charles Quint.
En 1512, il est à la tête de l’armée qui assiège et prend la cité de Tudela [3] pendant la conquête de la Navarre [4] par la Castille [5]. La même année, il est nommé également archevêque de Valence.
La carrière ecclésiastique d’Alphonse d’Aragon n’a pas l’importance de sa carrière politique et militaire. Sa nomination à la tête de l’archevêché de Saragosse répondant uniquement à la tradition qui veut que l’Église d’Aragon soit commandée par un membre de la famille régnante.
Il meurt en 1520 et sa dépouille repose en la cathédrale Saint-Sauveur de Saragosse.