Né à Séville [1], second enfant des Rois Catholiques Ferdinand II d’Aragon et Isabelle 1ère de Castille, il fut leur seul fils à atteindre l’age adulte. Il fut de ce fait l’héritier des couronnes de Castille et Aragon.
On envisagea tout d’abord de lui faire épouser Anne de Bretagne, mais ce projet n’aboutit pas. Ses parents, en guerre avec le roi Charles VIII pour le royaume de Naples, préfèrent une alliance croisée avec le roi des Romains Maximilien 1er, ennemi juré du roi de France. Jean épousa donc Marguerite de Habsbourg en 1497, tandis que sa sœur Jeanne se mariait avec l’archiduc Philippe le Beau.
Le couple s’entendit très bien. La cour s’étonna du temps que les jeunes mariés passaient ensemble, les médecins en particulier, étant donné la santé fragile du prince.
Jean meurt cependant après quelques mois de mariage, sur la route du Portugal où il allait assister au mariage de sa sœur Isabelle. Son corps fut déposé au monastère royal saint Thomas à Ávila [2]. À l’époque, on évoqua la possibilité que la fréquentation trop assidue de sa femme ait pu épuiser le prince.
Charles Quint, son neveu, s’en souvint en conseillant à son fils Philippe II d’Espagne une certaine continence dans ses relations avec sa première épouse. Les symptômes évoquaient en fait plutôt une tuberculose. Marguerite donna naissance six mois plus tard à une fille morte-née.
Sa mort fut très durement ressentie par la dynastie, car elle signifiait l’extinction de la maison de Trastamare à la prochaine génération. De fait, ce furent les princes héritiers de Portugal, don Miguel de la Paz , puis d’Autriche-Bourgogne, Charles et Ferdinand qui devinrent les héritiers présomptifs de la monarchie espagnole.
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